Focus sur la diversité génétique du VIH

Publié le 19.05.2011 | par Patricia Fener

La pandémie à VIH est due aux virus de type 1 du groupe M. À côté de ces virus majoritaires, il existe de nombreux variants divergeant génétiquement, ayant conduit à la définition des VIH-2 et des groupes N, O et P au sein du VIH-1. Résultat de plusieurs transmissions inter-espèces de virus simiens à l’homme, ces variants font l’objet de nombreuses questions concernant leur origine, leur évolution génétique et les raisons de leur faible diffusion épidémiologique.

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VIH, variants, phylogenèse ;Wikimedia commons

Des caractéristiques génomiques, phylogénétiques et des propriétés virales propres

- Il y a quatre groupes de VIH-1 : le groupe M (Major), le groupe O (Outlier), le groupe N (non-M, non-O), et le groupe P.

Le groupe M est responsable de la pandémie de sida et compte 9 sous-types (A, B, C, D, F, G, H, J, K) et plus de 43 formes recombinantes entre ces sous-types (CRF pour Circulating Recombinant Form) dont certaines ont été identifiées récemment.

  • Le sous-type A comprend 4 subdivisions (A1, A2 et de découverte plus récente A3 et A4) et le sous-type F est subdivisé en 2 sous-types F1 et F2.
  • Le sous-type B est responsable de l’épidémie aux États-Unis et en Europe. Les autres sous-types, regroupés sous la dénomination de VIH-1 non-B, sont à l’origine de plus de 90 % de la pandémie, notamment sur le continent africain et sont de plus en plus fréquemment impliqués dans de nouvelles infections en Europe, notamment les formes recombinantes.

Les différents groupes du VIH-1 (M, N et O), l’ensemble des sous-types du groupe M et la majorité des formes recombinantes circulent en Afrique Centrale.

Les virus de type 1 résultent de passages inter-espèces indépendants de virus présents chez les chimpanzés et les gorilles des plaines de l’Ouest de l’Afrique centrale.

  • A l’origine des groupes M et N a été identifiée la lignée SIVcpzPtt du virus simien (Simian immunodeficiency viruses from Chimpanzees Pan troglodytes troglodytes) qui est toujours présent dans les populations de chimpanzés Pan troglodytes troglodytes du Sud Cameroun.
  • L’ancêtre du VIH-1 du groupe O est présent chez le gorille (Gorilla gorilla) de l’Ouest mais les chimpanzés sont le réservoir original du SIVgor et il reste à établir si le VIH-1 du groupe O a été transmis à l’homme par le gorille et/ou le chimpanzé.
  • Le VIH-1 du groupe P a été individualisé en 2009, par l’équipe du Pr Jean-Christophe Plantier du CHU-Hôpitaux de Rouen en collaboration avec l’Université de Manchester (Royaume-Uni – Dr David Robertson) et l’hôpital Saint-Louis de Paris (Pr François SIMON). Ce nouveau variant a été isolé pour la première fois chez une patiente d’origine Camerounaise qui était suivie en région parisienne depuis 2004. Le séquençage du génome viral a permis de mettre en évidence de grandes similitudes avec un virus identifié quelques années auparavant parmi des populations de gorilles d’Afrique centrale, SIVgor.

- Pour les virus de type 2, au moins huit transmissions inter-espèces de SIVsmm (Simian immunodeficiency virus from sooty mangabey monkeys) ont eu lieu entre l’homme et le mangabey enfumé, ce qui a conduit à définir 8 groupes de VIH-2, (A, B, C, D, E, F, G, H). Les groupes A et B sont les plus représentés.

L’infection par le VIH-2 touche majoritairement des patients originaires d’Afrique de l’Ouest et d’Afrique centrale, en particulier du Sénégal, de Côte d’Ivoire, du Mali, de Guinée-Bissau, du Burkina, mais aussi d’Angola et du Mozambique. Le Portugal et, à un moindre degré, la France, comptent un grand nombre de cas en raison de leurs liens historiques avec ces pays.

- Ces virus ont dû s’adapter à l’espèce humaine en développant des caractéristiques génomiques, phylogénétiques, ainsi que des propriétés virales, propres à chaque groupe.
L’histoire naturelle des infections associées à ces variants ressemble toutefois à celle des VIH du groupe M, et se traduit par une intense réplication virale in vivo associée à une immunodépression continue.

Une origine camerounaise

Les variants non-M du VIH-1 ont tous été décrits pour la première fois chez des patients d’origine camerounaise. L’origine de ces groupes est probablement liée à un passage de virus SIV (Simian immunodeficiency virus) du Gorille à l’homme, comme cela a déjà été décrit dans le cas des VIH-1 de groupe M, à partir de contamination par manipulation de viande de chimpanzés infectés.

L’ouest de l’Afrique centrale se positionne comme étant l’épicentre des épidémies à variants non-M, et la circulation hors de cette région est anecdotique, en dehors de la France. Le Cameroun apparaît comme étant le berceau de tous les groupes décrits actuellement ; les infections VIH-1 du groupe O représentent 1 % des infections VIH, et quinze cas d’infections du groupe N et deux du groupe P ont été enregistrés à ce jour.

Des problèmes diagnostiques

Les infections à VIH-2 et à VIH-1 groupe O nécessitent de recourir à des techniques moléculaires spécifiques pour la mesure de la charge virale et de leur résistance naturelle à certains antirétroviraux.
Les infections par les groupes P et N de VIH-1 sont extrêmement rares, et leur prise en charge se rapproche de celles des VIH-1 du groupe M.

Des incertitudes concernant la réponse au traitement antirétroviral

Très peu de données sont disponibles sur la réponse au traitement antirétroviral et la conduite à tenir en cas d’échec.

La résistance naturelle du VIH-2 aux inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse (INNTI) et à d’autres antirétroviraux est actuellement établie.

La découverte et la description ces dernières années de nombreux virus simiens font redouter une dynamique de transmission à l’homme, et rendent probable l’existence d’autres variants. Une veille sanitaire s’est donc imposée visant à rechercher toute discordance dans l’algorithme de dépistage et de prise en charge thérapeutique des infections à VIH.


Source :
- J.-C. Plantier, F. Simon. Les variants rares du VIH-1 Original Research Article. Journal des Anti-infectieux, Sous presse, article disponible en ligne le 13 Mai 2011
- Rapport Yeni 2010 : Infections par les sous-types non-B de VIH-1, VIH-1 groupe O et VIH-2
- J.C. Plantier, M. Leoz, JE. Dickerson and coll. A new human immunodeficiency virus derived from gorillas . Nature Medicine, 2009, 15(8), pp.871-872
- M. Peeters, M.L. Chaix, E. Delaporte. Phylogénie des SIV et des VIH : mieux comprendre l’origine des VIH . Médecine/Science, Numéro Double, 2008, vol.24(6)

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