Infection à Mycobacterium genavense au cours du VIH

Publié le 04.07.2011 | par Patricia Fener

Le pronostic de l’infection à Mycobacterium genavense s’est nettement amélioré depuis l’avénement du traitement antirétroviral hautement actif (HAART) en 1996. Son évolution chez le patient infecté par le VIH est semblable à celle que l’on peut voir chez le sujet non contaminé, comme le montre une étude multicentrique française réalisée par le laboratoire de référence de l’Institut Pasteur.

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VIH, Mycobacterium genavense ;Wikimedia commons “Institut Pasteur de Paris (France)”

Identification par le laboratoire de référence de l’Institut Pasteur des patients infectés par "Mycobacterium Genavense" entre 1996 et 2007
Un recueil des données cliniques, biologiques et microbiologiques a été effectué pour chaque patient avec renseignement d’une grille standardisée et constitution d’une base de données.

Un séquençage de l’ADN bactérien a été réalisé pour pouvoir identifier plusieurs allèles de cette mycobactérie dans les gènes codant pour les séquences d’ARN ribosomal (ARNr) 16S, de heat-shock protein 65 (hsp65) et de RNA polymerase beta subunit (rpoB).

Importance de l’examen histopathologique pour poser le diagnostic de mycobactériose et éliminer une pathologie tumorale, notamment lymphomateuse
Vingt-cinq cas de Mycobacterium Genavense ont été identifiés dans 19 centres, dont 20 chez des patients infectés par le VIH, 3 chez des sujets transplantés et 2 chez des porteurs d’une sarcoïdose.

Seize patients étaient des hommes, l’âge moyen au moment du diagnostic était de 42 ans (écart type 10 ans) et le taux de lymphocytes CD4 était de 13 par mm³ pour les patients VIH+.

Vingt-quatre malades avaient une infection disséminée avec une symptomatologie comprenant :
- une perte de poids pour 19 d’entre eux (79%) ;
- une fièvre chez 18 patients (75%) ;
- des douleurs abdominales chez 17 patients (71%) ;
- une splénomégalie chez 17 d’entre eux (71%) ;
- une hépatomégalie chez 15 patients (62,5%) ;
- une diarrhée chez 15 d’entre eux (62,5%) ;
- des adénopathies intra-abdominales chez 15 sujets (62,5%).

Mycobacterium Genavense a été isolé au niveau de différentes localisations :
- au niveau d’adénopathies (13 patients) ;
- au sein de biopsies digestives (9 patients) ;
- au niveau d’hémocultures (6 patients) ;
- par examen de crachats (3 patients) ;
- par examen des selles (3 patients) ;
- par prélèvements de moelle osseuse (5 patients).

Une évolution encore péjorative
Onze patients sont morts, 8 ont guéri sans séquelles et 6 ont survécu avec des manifestations chroniques.

Le pourcentage de survie à 1 an, 3 ans et 5 ans était respectivement de 72%, 59% et 53%. Cinq patients ont présenté un syndrome inflammatoire de restauration immunitaire.

Une variabilité génétique
Quatre différents allèles de Mycobacterium Genavense ont été identifiés lors du séquençage du gène codant pour hsp65.

Des infections qui ne doivent pas être méconnues
Depuis l’introduction des trithérapies, les infections à mycobactéries atypiques sont devenues rares chez les patients infectés par le VIH, mais elles ne doivent cependant pas être méconnues.

Au sein des infections à mycobactéries atypiques, celles dues à Mycobacterium genavense ne sont pas exceptionnelles en Europe ; il faut y penser et ne pas passer à côté du diagnostic notamment dans les formes localisées. Grâce aux techniques de biologie moléculaire, leur mise en évidence a été facilitée, avec un diagnostic plus rapide, réalisable à partir d’échantillons cliniques, comme le matériel issu de crachats décontaminés, à partir de cultures de colonies purifiées isolées sur milieux solides ou liquides, ou à partir de tissus frais ou congelé.

Un agent environnemental ubiquitaire
Mycobacterium genavense est retrouvé dans l’environnement sur plusieurs continents, isolé dans l’organisme d’animaux domestiques et dans le tractus digestif de sujets sains.

Cette mycobactérie est le plus souvent responsable d’atteintes disséminées chez les patients infectés par le VIH, et 10 à 15 % des infections mycobactériennes disséminées pourraient être dues à Mycobacterium genavense.
Les formes localisées sont rapportées de façon sporadique, souvent sous la forme d’adénopathies isolées.

Le diagnostic d’espèce, à partir d’identification moléculaire
Ce diagnostic se fait sur amplification génique par PCR, suivie d’une révélation par sonde d’hybridation moléculaire spécifique, à l’aide de kits commerciaux, telle que la technique INNO-LiPA v2  [1]).

Des techniques plus fiables sont réservées aux centres de référence, et font appel à des méthodes moléculaires par PCR suivie d’un séquençage.

Les techniques de biologie moléculaire permettent également de détecter les résistances aux antibiotiques avant d’instaurer le traitement.

Le diagnostic précoce de Mycobacterium genavense permet ainsi la mise en route du traitement antibiotique associant au moins amikacine, rifampicine ou rifabutine et clarithromycine, avec ou sans éthambutol.

Cette étude du laboratoire de référence de l’Institut Pasteur montre que les caractéristiques cliniques biologiques et microbiologiques des patients infectés par Mycobacterium genavense sont relativement comparables à celles rapportées dans d’anciennes séries mais que par contre le pronostic de cette maladie infectieuse s’est nettement amélioré chez les sujets VIH+.


Source :
- Charles P, Lortholary O, Dechartres A, Doustdar F, Viard JP, Lecuit M, Gutierrez MC ; The French Mycobacterium genavense Study Group.
Mycobacterium genavense Infections : A Retrospective Multicenter Study in France, 1996-2007.
Medicine (Baltimore). 2011 Jul ;90(4):223-230.
- A. Harket, M. Fabre, C. Soler, J.P. Arigon, A. Bonnichon, P. Saint-Blancard
Adénite à Mycobacterium genavense chez un patient immunodéprimé
Revue des Maladies Respiratoires, 2008, Vol 25 (1), pp. 101-103

Pour en savoir plus :
-  microbiologie médicale  : mycobactéries


[1] La technique INNO-LiPA v2 est un test répondant à cet objectif, sensible (100 %) et spécifique (94,4 %) et rapide, car réalisée en 6 heures. Elle répond au principe d’étude des séquences génomiques situées entre 16 et 23S de l’ARN ribosomal, puis de les hybrider sur 23 sondes spécifiques fixées sur une bandelette. Cette méthode est applicable sur tous les types de prélèvements pour identifier rapidement et simultanément des espèces de mycobactéries difficiles à mettre en évidence par des techniques plus classiques

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