Intégrase de VIH-1 : l’hélice α4 site d’interaction de l’ADN viral et des inhibiteurs

Hobaika Z., 2009

Publié le 25.05.2011 | par Patricia Fener

Ce mémoire présente un travail consacré aux interactions de l’intégrase de VIH-1 avec l’ADN viral et de deux inhibiteurs de la famille des DKA avec l’intégrase et l’ADN, en se concentrant sur l’impact de l’ion magnésium sur ces interactions. L’intégrase de VIH-1 catalyse l’intégration de l’ADN viral dans l’ADN cellulaire via un mécanisme en 2 étapes : la maturation de l’ADN viral et le transfert de brin.

"Pour cette étude nous avons utilisé un modèle simplifié mis au point dans notre laboratoire consistant en (1) une hélice (α4) de l’intégrase reconnue pour son implication dans la reconnaissance spécifique de l’ADN viral et d’oligonucléotides reproduisant les extrémités de l’ADN viral processé e non processé et (2) plusieurs méthodes spectroscopiques (absorption dans l’ultra violet, dichroïsme circulaire, fluorescence et résonance magnétique nucléaire). L’analyse des résultats montre qu’ils sont extrapolables à l’enzyme entière. Les résidus importants pour l’activité de l’intégrase et le caractère infectieux du virus participent à l’interaction avec l’ADN. Le rôle du magnésium est déterminant pour la discrimination des sites spécifiques et non spécifiques. Sur l’ADN non processé il renforce l’énergie de la liaison spécifique avec l’hélice α4 alors qu’il diminue l’énergie de la liaison non spécifique. Avec l’ADN processé seule subsiste l’interaction de faible énergie non spécifique démontrant que le dinucléotide GT à l’extrémité de l’ADN viral partage des liaisons stabilisatrices avec l’hélice α4 de l’intégrase. Les inhibiteurs DKA utilisés interagissent à la fois avec l’hélice α4 et l’ADN viral. Cette dernière interaction avait été suggérée mais jamais démontrée jusqu’à maintenant. Les énergies d’interaction de l’inhibiteur avec l’hélice α4 sont cependant trop faibles pour rivaliser avec l’interaction spécifique de l’hélice α4 avec l’ADN non processé. Par contre elles sont suffisamment fortes pour concurrencer l’interaction de faible énergie non spécifique entre l’hélice α4 et l’ADN une fois processé, expliquant de ce fait pourquoi les inhibiteurs sont plus efficaces sur l’étape de transfert que sur l’étape de maturation. Ainsi, le modèle simplifié peut être utile dans la recherche de nouveaux inhibiteurs de l’intégrase agissant sur l’étape soit de maturation soit de transfert de brins. "

Source :
-  Université Paris Diderot  : thèse

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