Le point sur le VIH-1 du groupe P

Publié le 25.08.2009 | par Patricia Fener

L’équipe du Pr Jean-Christophe PLANTIER du CHU de Rouen (France) a isolé un nouveau variant des virus de type 1 de l’Immunodéficience Humaine (VIH-1) chez une patiente d’origine Camerounaise. Cette nouvelle forme est extrêmement proche d’un virus identifié il y a 3 ans parmi des populations de gorilles d’Afrique centrale.

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“Mountain gorilla : United States Agency for International Development” Wikimedia commons

Rappel sur la phylogénie des VIH
Les virus de l’immunodéficience humaine VIH-1 et VIH-2 sont le résultat de plusieurs transmissions inter-espèces de virus de l’immunodéficience simien (SIV) à l’homme.
Il faut cependant rassembler plusieurs éléments pour qu’une simple transmission virale soit à l’origine d’une nouvelle épidémie. Après le passage de la barrière d’espèce, l’adaptation du virus à son nouvel hôte est une étape cruciale, indispensable pour que le virus acquière la capacité de diffuser à travers la population. Les facteurs de l’hôte, associés aux facteurs environnementaux, sociaux, démographiques, sont importants pour favoriser la diffusion d’un tel nouveau virus.

Les virus VIH-1 sont actuellement classés en trois groupes : le groupe M (responsable de la pandémie), le groupe O (outlier) et le groupe N (non-M non-O). Le groupe M est lui-même subdivisé en 9 sous-types (A, B, C, D, F, G, H, J, K) et il existe 37 formes recombinantes (CRF01 à CRF37). Le sous-type A comprend 4 subdivisions (A1, A2 et de découverte plus récente A3 et A4) et le sous-type F est subdivisé en 2 sous-sous-types F1 et F2.

En ce qui concerne le VIH-2, sept sous-types ont été répertoriés à ce jour (de A à H), A et B représentant les sous-types majoritaires.

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“Jeune chimpanzé adulte ; Frans de Waal, Emory University” Wikimedia commons
  • Origine du VIH-1 des groupes M et N
    C’est en 2006 que l’équipe de chercheurs du Professeur Keele de l’Université de l’Alabama à Birmingham (États-Unis), a prouvé que la sous-espèce de chimpanzés (Pan troglodytes troglodytes) était le réservoir naturel à l’origine de l’émergence des VIH-1 des groupes M et N. La lignée SIVcpzPtt [1] du SIV, à l’origine du VIH-1 des groupes M et N, est toujours présent dans les populations de chimpanzés Pan troglodytes troglodytes du Sud Cameroun.
  • Origine du VIH-1 du groupe O
    L’ancêtre du VIH-1 du groupe O est présent chez le gorille de l’Ouest de l’Afrique (Gorilla gorilla) mais les chimpanzés sont le réservoir original du SIVgor et il reste à établir si le VIH-1 du groupe O a été transmis à l’homme par le gorille et/ou le chimpanzé.
  • Origine du VIH-2
    C’est en 1986 qu’est découvert le VIH-2 et sa remarquable homologie avec le SIVsmm infectant naturellement le mangabey enfumé en Afrique de l’Ouest. De plus, les similitudes d’organisation de leur génome (présence du gène vpx), la superposition géographique entre l’épicentre de l’épidémie du VIH-2 et l’aire de répartition des mangabeys enfumés, et enfin le fait que ces singes sont régulièrement chassés ou gardés comme animaux domestiques, ont permis d’identifier le SIVsmm comme étant l’origine du VIH-2.

Mise en évidence d’un nouveau variant : le VIH-1 du groupe P
L’équipe du Professeur Plantier, du CHU de Rouen a donc découvert un VIH-1 proche d’un virus identifié chez les gorilles (SIVgor) chez une femme d’origine camerounaise.

Agée de 62 ans, cette patiente née au Cameroun a séjourné dans différentes villes autour de Yaoundé avant d’être testée séropositive en 2004, peu après son installation à Paris. Bien que l’infection à VIH ne se soit pas déclarée cliniquement, elle présentait une immunodépression avec des chiffres de lymphocytes CD4 aux environs de 300 cellules par mm3.

Sa séropositivité au VIH a été diagnostiquée par les principaux tests actuellement utilisés en transfusion sanguine et en diagnostic. Ce fait est rassurant et nous permet de penser que les tests de dépistage chez les personnes porteuses de ce nouveau variant ne peuvent pas être négatifs.
Les examens de confirmation étaient également positifs. Par contre, la négativité de certains des examens de charges virales a conduit à suspecter une infection par un VIH atypique. Le séquençage du génome viral a permis d’identifier un virus, différent de ceux déjà connus, et génétiquement proche du virus des gorilles SIVgor.

Ce nouveau variant se distingue des trois groupes déjà répertoriés (M, N, O). L’origine de ce nouveau groupe P est probablement liée à un passage de virus SIV du gorille à l’homme comme cela a déjà été décrit dans le cas des HIV-1 de groupes M et N à partir de contamination par manipulation de viande de chimpanzés infectés.

La patiente infectée par ce nouveau variant ne se souvient pas avoir eu de contact avec des gorilles mais aurait eu plusieurs partenaires sexuels après le décès de son époux. Aucun des statuts sérologiques de ses différents partenaires n’est connu.
Elle se rappelle avoir présenté une perte de poids en 2003 et des épisodes fébriles avant son arrivée en France.
Il faut rappeler que la primo-infection à VIH s’accompagne de signes cliniques compatibles avec un syndrome viral aigu persistant (fièvre d’une durée supérieure à 7 jours) associé à une polyadénopathie, à des manifestations cutanéo-muqueuses et/ou neurologiques. Les symptômes surviennent entre 10 et 15 jours suivant la contamination ; ils sont associés à des anomalies biologiques hématologiques (thrombopénie, neutropénie, hyperlymphocytose ou lymphopénie précoce) et/ou à une cytolyse hépatique. Ils s’amendent spontanément en 2 à 4 semaines, les adénopathies pouvant persister plus longtemps.

Conclusion
Ce nouveau variant du groupe P n’a été identifié pour l’instant que chez cette patiente camerounaise mais il est évident que des recherches doivent être menées pour mieux appréhender la diffusion de cette souche. Dans la mesure où l’homme est potentiellement exposé à de nombreux SIV, notamment en Afrique où la chasse et la préparation de viande de brousse sont des activités habituelles, la possibilité de nouveaux épisodes de transmissions inter-espèces de lentivirus de primates est une éventualité qu’il ne faut pas sous-estimer.

Dans la presse scientifique :
A new human immunodeficiency virus derived from gorillas
Jean-Christophe Plantier, Marie Leoz, Jonathan E Dickerson, Fabienne De Oliveira, François Cordonnier, Véronique Lemée, Florence Damond, David L Robertson & François Simon
Nature Medicine 15, 871 - 872 (2009)

Source :
- Nature medicine
- ANRS

Pour en savoir plus :
- Médecine Sciences :"Phylogénie des SIV et des VIH : mieux comprendre l’origine des VIH"
- HIV sequence database


[1] Les SIV provenant de différentes espèces de primates sont désignés à l’aide d’un code de trois lettres faisant référence au nom commun en anglais de leur espèce d’origine (par exemple SIVcpz pour chimpanzé). Lorsque différentes sous-espèces d’une même espèce de primate sont infectées par un SIV spécifique, le nom de cette sous-espèce est ajouté ; c’est le cas pour les SIVcpzPtt et SIVcpzPts$qui knvectent deux des quatre sous-espèces de chimpanzés, le P. t. troglodytes et le P. t. schweinfurthii

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